ISAM-Dateien bestehen nicht nur aus Datenblöcken, sondern z.B. auch aus Blöcken, die Verwaltungsinformationen für die ISAM-Verarbeitung enthalten. NK-ISAM-Dateien bestehen aus Datenblöcken, Indexblöcken, Kontrollblock, freien Blöcken und u.U. Überlaufblöcken, K-ISAM-Dateien aus Datenblöcken, Indexblöcken und freien Blöcken. Da Kontrollblock und Überlaufblöcke von ISAM angelegt und verwaltet werden, ergeben sich an der Benutzerschnittstelle keine Unterschiede bei der Verarbeitung von NK-ISAM- oder K-ISAM-Dateien.
In den folgenden Abschnitten werden die Strukturelemente einer ISAM-Datei beschrieben, ausgehend von den Datensätzen des Benutzers, die in den Datenblöcken „abgelegt“ werden und bei NK-ISAM in manchen Fällen in sog. „Überlaufblöcke“ hineinragen.
Bei NK-ISAM werden die Datenblöcke über die Indexblöcke und den Kontrollblock verwaltet, bei K-ISAM nur über die Indexblöcke.