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Archive, die von einem Linux-ZIP-Werkzeug erzeugt wurden, sind von BS2ZIP lesbar. Diese Archive müssen im Binärformat an das BS2000 übertragen werden. Standardmäßig extrahiert BS2ZIP die archivierte Datei in eine SAM-Datei mit BUF-LEN=STD(16). Es wird dabei angenommen, dass das Zeilentrennzeichen ein Wagenrücklauf mit Zeilenvorschub (CRLF) ist. Dateien können auch binär extrahiert werden. Dabei werden PAM-Dateien mit BUF-LEN=STD(16) erzeugt.
Auf der anderen Seite können BS2ZIP-Archive, die im Kompatibilitätsmodus erzeugt wurden, binär auf eine Linux-Plattform übertragen und dann vom Linux-Tool UNZIP weiterverarbeitet werden.