WebAdmin benötigt zum Betrieb eine Datenbank, die sogenannte Konfigurationsdatenbank. Diese Datenbank enthält die Verwaltungsdaten aller WebAdmin bekannten UTM-Anwendungen, der Hosts, auf denen die Anwendungen laufen, der UPIC-Verbindungen zu den Anwendungen, der WebAdmin-Benutzer und der Anwendungskollektionen. Darüber hinaus enthält die Datenbank auch die Daten für (benutzerspezifische) Optionen, Berechtigungen usw.
WebAdmin verwendet eine H2-Datenbank. H2 ist eine rein in Java geschriebene SQL-Datenbank, die nicht nur auf Windows-, sondern auch auf Unix- und Linux-Plattformen ablauffähig ist. Sie ist als Freeware erhältlich (im Internet unter http://www.h2database.com), das Laufzeitsystem der Datenbank wird aber mit WebAdmin zusammen ausgeliefert und installiert.
Die Konfigurationsdatenbank wird von WebAdmin beim ersten Start im Verzeichnis <WebAdmin-Installationsverzeichnis>/UtmWebAdmin/app/db angelegt.
Es ist auch möglich, eine von openUTM WinAdmin angelegte und verwendete Konfigurationsdatenbank zu verwenden. Dazu muss vor dem Start des Web-Servers die Datei winadmindb.h2.db der WinAdmin-Konfigurationsdatenbank in das oben genannte WebAdmin-Verzeichnis als webadmindb.h2.db kopiert werden. Es kann auch eine WebAdmin-Konfigurationsdatenbank einer alten Installation verwendet, d.h. kopiert werden.