Auf einer Application Unit läuft in der Regel ein Betriebssystem eines Fremdherstellers (Windows-, Linux- oder Unix-Systeme). Der Umfang der Einstell- und Anzeigemöglichkeiten richtet sich daher nach dem jeweiligen Betriebssystem. Eine Application Unit kann mit einem Native-Betriebssystem oder einem Hypervisor-System betrieben werden. Ein Hypervisor-System erlaubt den Betrieb von VMs. Diese werden im SE Manager angezeigt und können mit ihm bedient werden.
Folgende Hypervisor-Systeme können eingerichtet werden: HyperV Windows Server, VMware vSphere, Oracle VM Server, Citrix XenServer.
Application Units werden in der Primärnavigation als <unit> (AU...) bzw. <unit> (DBU...) angezeigt.
Wenn auf mindestens einer MU das Add-on Pack NUX installiert ist, erweitert sich in der Primärnavigation die Struktur unterhalb von Hardware -> Units: Das Hauptmenü erhält entsprechend dem Namensschema der AUs jeweils eine rackspezifische Unterstruktur SE<se-index> AU<rack-index>xx, unter der die Links zu den einzelnen AUs des Racks (ggf. mit einem entsprechenden Submenü) zu finden sind.
Für eine solche AU wird nur das Basis- bzw. das Native-AU-System angezeigt.
Die folgende Beschreibung gliedert sich in diese Abschnitte: