Bei der Aufnahme in ein ZIP-Archiv kann eine Datei verschlüsselt werden. Diese Verschlüsselung bietet für diese Datei im ZIP-Archiv einen gewissen Schutz gegen unberechtigten Zugriff. Wer Daten der Datei lesen will, muss die Datei beim Extrahieren wieder entschlüsseln und benötigt dazu den passenden Schlüssel (das Crypto-Kennwort). Das ZIP-Archiv selbst ist durch die Verschlüsselung nicht geschützt.
BS2ZIP unterstützt den Zip 2.0-Verschlüsselungsmechanismus und ist somit kompatibel zu WinZip und vielen anderen Zip-Tools. Die Zip 2.0-Verschlüsselung ist relativ schwach und bietet keinen ausreichenden Schutz gegen spezielle Kennwort Recovery Tools.
BS2ZIP verschlüsselt Dateien beim Hinzufügen zum Archiv bzw. entschlüsselt sie beim Extrahieren wieder, wenn die Verschlüsselung mit der Anweisung MODIFY-ZIP-OPTIONS eingeschaltet wurde. Beim Einschalten der Funktion muss auch das passende Crypto-Kennwort angegeben werden.
Enthält ein ZIP-Archiv Dateien, die mit verschiedenen Kennwörtern verschlüsselt wurden, muss die Verschlüsselung mit dem jeweils benötigten Kennwort vor dem Extrahieren wieder neu eingestellt werden.
Beim Extrahieren auf Nicht-BS2000-Systemen müsste in diesen Fällen WinZip bzw. das Zip-Tool für jedes Kennwort wieder neu gestartet werden.