Die Pufferung von Datensätzen von SAM- und ISAM-Dateien im Arbeitsspeicher kann zur Folge haben, dass unmittelbar vor Abbruch der Dateibearbeitung durchgeführte Änderungen verloren gehen. Bei ISAM-Dateien kann diesem Problem mit der WROUT-Funktion begegnet werden (siehe "WROUT-Funktion"). Zu beachten ist aber der erhöhte Zeitaufwand.
Bei der Wiederherstellung von ISAM-Dateien wird von mehrfach vorhandenen Sätzen (d.h. Sätzen mit gleichen Schlüsseln und gleichen Daten) jeweils nur einer in die Wiederherstellungsdatei übernommen. Diese Einschränkung ist notwendig, um ISAM-Dateien wiederherstellen zu können, deren Bearbeitung während eines Blocksplittings abgebrochen wurde.
Enthält eine beschädigte ISAM-Datei mehrere Sätze mit gleichen Schlüsseln (aber verschiedenen Daten), so kann die Reihenfolge dieser Sätze in der Wiederherstellungsdatei von der ursprünglichen Reihenfolge abweichen.
Wenn die zu rekonstruierende ISAM-Datei mit einem Crypto-Kennwort verschlüsselt war, werden ihre Verschlüsselungsattribute auf die wiederhergestellte Datei übertragen.
Kann ein Datenblock einer ISAM-Datei nicht rekonstruiert werden (z.B. weil interne Zeiger zerstört worden sind), wird er in eine gesonderte PAM-Datei geschrieben. Diese PAM-Datei steht dem Benutzer nach Abschluss der Wiederherstellung zu eigenen Rekonstruktionen zur Verfügung. Sie heißt: „S.dateiname.REPAIR“ („dateiname“ ist der Dateiname der beschädigten Datei).
Bei der Wiederherstellung von ISAM-Dateien wird in den Datenblöcken kein Platz für spätere Erweiterungen frei gehalten.
Der Zeitbedarf für die Wiederherstellung von ISAM-Dateien ist nicht zu vernachlässigen. Es wird insbesondere bei größeren ISAM-Dateien empfohlen, die zu bearbeitenden Dateien in einen DAB-Cache zu legen. Die Datei SYSPRC.BS2CP.vvv.TEMPLATE enthält ein Prozedur-Template, das für diesen Zweck benutzt und auf die individuellen Bedürfnisse angepasst werden kann.
Bei Privatplatten kann sich der Zeitbedarf beträchtlich vergrößern, wenn, vom Benutzer keine (bereits mit genügend Speicherplatz versehene) Wiederherstellungsdatei zur Verfügung gestellt wird.
ISAM-Dateien auf verschiedenen Privatplatten für Index- und Datenteil können nur wiederhergestellt werden, wenn für den Katalogeintrag gilt: BUF-LEN=STD/(STD,1).